(auch: Dunkelreaktion)
Das in den Primärreaktionen gewonnene ATP und NADPH + H+ wird bei den Sekundärreaktionen benötigt, damit der CALVIN-Zyklus ablaufen kann. Die Sekundärreaktionen finden im Stroma der Chloroplasten statt und sind lichtunabhängig.
CALVIN-Zyklus

Im Calvin Zyklus werden 6 CO2-Moleküle durch das Enzym Rubisco (Ribulose-1,5-bisphosphat-carboxylase) an 6 Ribulose-1,5-bisphosphate gebunden. Aus diesen C5-Körper entstehen also C6-Körper, die jedoch so instabil sind, dass sie zu jeweils zwei C3-Körpern zerfallen. Es entstehen also 12 Glycerinsäure-3-phosphate.
Durch Phosphorylierung (ATP gibt Phosphatgruppe ab) wird Glycerinsäure-3-phosphat zu Glycerinsäure-1,3-bisphosphat. Es besitzt also zwei Phosphatgruppen.
Glycerinsäure-1,3-bisphosphat reagiert daraufhin zu Glycerinaldehyd-3-phosphat, wobei es eine Phosphatgruppe wieder abgibt. Zudem wird NADPH+H+ zu NADP+ umgewandelt.
Aus zwei der 12 Triosephosphate (Glycerinaldehyd-3-phosphat) entsteht Glucose.
Die verbleibenden Triosephosphate reagieren zu Ribulose-1,5-bisphosphat, welches wieder der Fixierung von CO2 dient. Damit 6 neue C5-Körper (Ribulose-1,5-bisphosphat) vorliegen, müssen 10 Glycerinaldehyd-3-phosphate reagieren. Dabei werden 6 ATP zu 6 ADP umgesetzt. Von den 6 freiwerdenden Phosphatgruppen werden zwei für die Bildung der Ribulose-1,5-bisphosphate benötigt.